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1954年7月，公司前身“中國醫(yī)藥公司常州市公司”正式成立。后更名為江蘇省常州醫(yī)藥藥材公司，即江蘇省醫(yī)藥公司常州采購供應(yīng)站。
1993年11月，經(jīng)江蘇省經(jīng)濟(jì)體制改革委員會批準(zhǔn)，在原江蘇省常州醫(yī)藥藥材公司的基礎(chǔ)上進(jìn)行整體改制設(shè)立定向募集股份有限公司——常州藥業(yè)股份有限公司。
1994年2月，公司兼并國有企業(yè)常州健民制藥廠。
1997年9月，公司兼并國有企業(yè)常州制藥廠。
2000年7月，上海實(shí)業(yè)醫(yī)藥投資股份有限公司通過收購常州藥業(yè)的2310萬股法人股，持股42%。
2002年，上海實(shí)業(yè)醫(yī)藥投資股份有限公司通過配股1848萬股增資6190.8萬元，持股55.75%，成為控股股東。
2005年7月，公司在原有5個批發(fā)分公司的基礎(chǔ)上，組建常州藥業(yè)股份有限公司醫(yī)藥藥材分公司。
2010年3月，上海實(shí)業(yè)醫(yī)藥投資股份有限公司因重大資產(chǎn)重組被上海醫(yī)藥集團(tuán)股份有限公司吸收合并，公司控股股東變更為上海醫(yī)藥集團(tuán)股份有限公司。
2010年11月，上海醫(yī)藥集團(tuán)股份有限公司下屬的控股公司——上海實(shí)業(yè)聯(lián)合集團(tuán)藥業(yè)有限公司以其所持有的赤峰科元投資發(fā)展有限公司51%股權(quán)對公司增資擴(kuò)股，并成為公司的新股東。
2012年，公司下屬常州制藥廠有限公司投資1.5億元，在江蘇如東經(jīng)濟(jì)開發(fā)區(qū)新建原料藥生產(chǎn)基地—南通常佑藥業(yè)科技有限公司。
2012年，公司下屬常州制藥廠有限公司收購常州武新制藥有限公司，確保了重點(diǎn)制劑品種“常絳”主要原料硫酸雙肼屈嗪的正常供應(yīng)。
2013年7月，公司完成內(nèi)部職工股和社會法人股股權(quán)收購工作，解決了公司股權(quán)過于分散的問題，股東數(shù)由1459家減少為168家，上海醫(yī)藥集團(tuán)股份有限公司直接（或間接）持有常州藥業(yè)股權(quán)比例上升至75.89%。
2015年4月20日， “常州藥業(yè)股份有限公司”正式更名為“上藥集團(tuán)常州藥業(yè)股份有限公司”。
2015年7月1日，常州藥業(yè)股份有限公司醫(yī)藥藥材分公司、常州藥業(yè)股份有限公司資產(chǎn)管理分公司整體并入上藥集團(tuán)常州藥業(yè)股份有限公司。
2016年10月1日，總投資1.8億元的常州藥業(yè)醫(yī)藥物流中心一期項(xiàng)目順利竣工并投入使用。
2016年12月，公司下屬赤峰艾克制藥科技股份有限公司、赤峰蒙欣藥業(yè)有限公司通過實(shí)施“退城進(jìn)園”項(xiàng)目，整體遷入新廠，并且兩年內(nèi)完成了老廠區(qū)土地變現(xiàn)工作。 2017年12月，公司下屬常州制藥廠有限公司制劑國際化取得歷史性突破，瑞舒伐他汀鈣片成功銷往美國市場。
2018年7月，公司下屬常州制藥廠有限公司卡托普利片（25mg）業(yè)內(nèi)率先通過仿制藥質(zhì)量和療效一致性評價。
2018年12月，總投資1.5億元的南通常佑藥業(yè)二期工程竣工投入使用，基本消除了常州制藥廠有限公司特色原料藥的產(chǎn)能瓶頸。
2019年3月，“常藥”商標(biāo)被國家工商行政管理總局商標(biāo)局認(rèn)定為“中國馳名商標(biāo)”。
2019年7月，常州藥業(yè)物流中心二期項(xiàng)目投入運(yùn)營，庫區(qū)新增了立體庫和自動化分揀線，倉儲和配送能力常州領(lǐng)先。
2019年10月，公司競得常州市天寧區(qū)鳳凰公園西側(cè)商業(yè)地塊（約43畝），并成立上藥東建房地產(chǎn)有限公司，啟動上藥常藥和常藥廠（聯(lián)合）經(jīng)營管理大樓的建設(shè)。
2020年9月，公司下屬常州制藥廠生產(chǎn)的瑞舒伐他汀鈣片獲得國家藥監(jiān)局（NMPA）批準(zhǔn)上市，順利實(shí)現(xiàn)“國內(nèi)國外雙市場、原料藥和制劑垂直一體化”的大滿貫布局。
2021年3月18日，上藥常藥商務(wù)中心項(xiàng)目（上藥常藥大廈）舉行開工奠基儀式。
2022年7月10日，上藥常藥商務(wù)中心項(xiàng)目舉行主樓封頂儀式。
2022年12月，公司下屬常州制藥廠、蒙欣藥業(yè)生產(chǎn)的抗疫藥品積極保供上海、常州，彰顯國企責(zé)任擔(dān)當(dāng)。
2023年12月24日，上藥常藥商務(wù)中心項(xiàng)目（上藥常藥大廈）順利竣工投入使用。
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